Эдвард и Альфонс Элрики - братья, живущие в деревне Ризенбург (Resembool) в стране Аместрис (アメストリス Amesutorisu?). Их отец, Хоэнхайм, ушел из дома, когда Эдвард и Aльфонс были еще совсем детьми. Спустя годы, их мать, Триша Элрик, умирает от неизлечимой болезни. После ее смерти, Эдвард решает вернуть ее с помощью алхимии - передовой науки, с помощью которой один объект может быть преобразован во что-то совершенно другое, но в точности равноценное первоначальному предмету. Для этого они изучают тайные формулы своего отца, Человеческое преобразование, запретное искусство, с помощью которого можно возродить умершего человека. Однако, эта попытка провалилась, приведя к потере левой ноги Эдварда и тела Альфонса. В отчаянной попытке спасти брата, Эдвард жертвует своей правой рукой, чтобы прикрепить душу Альфонса к рыцарским доспехам.После этого, Эдвард получает вместо левой ноги и правой руки пару автопротезов, современных искуственных конечностей, созданных близкими друзьями семьи Уинри Рокбелл и ее бабушкой Пинако.
Эдвард решает стать Государственным Алхимиком (国家錬金術師 Kokka Renkinjutsushi?), алхимиком, который работает на Армию Аместриса. Государственных Алхимиков отличают по их серебрянным карманным часам и уникальным званиям, присваиваемым после втупления в Государственные Алхимики. Звание Государственного Алхимика позволяет Эдварду использовать обширные ресурсы, чтобы найти способ вернуть потерянное ими, но также превращает его в "оружие" армии, или цепным псом. Очень многие люди, которые встречаются братьям в пути, очень недружелюбно относятся к ним именно из-за звания, которое носит Эдвард. Люди ненавидят армию, а особенно Государственных Алхимиков, так как они виновны в уничтожении почти всего населения Ишвара в последней Гражданской войне. Со временем братья узнают о Философском камне,по легенде позволяющим владельцу полностью обойти Закон Эквивалентного Обмена, и отправляются на его поиски как средства для восстановления своих тел. В конце концов братья узнают, что для создания Философского Камня требуются жизни людей. Они также встречают тех, кто тоже ищет Камень, делая все что возможно, даже убивая ни в чем не повинных заключенных, чтобы камень попал в их руки. На братьев нападают Гомункулы, группа человекоподобных созданий, которые несут в себе части Философского Камня, позволяющие им исцеляться от практически любого нанесенного урона. Они названы по семи смертным грехам и выступают в качестве главных злодеев в аниме.
В манге человек, называемый Гомункуламми "Отец" - создатель всех Гомункулов. Он управляет ими из тени Главнокомандующего Страны Аместрис. Изначально он был небольшим шариком теней в колбе с надписью "гомункул", созданный с кровью Хоэнхайма. Он подстрекает короля на выполнение Человеческого Преобразования, что приводит к уничтожению страны Ксерксес(Xerxes). Как дар за помощь ему Отец сделал Хоэнхайма бессмертным, возродя его тело с помощью половины населения Ксерксеса; другую половину он использовал для создания тела для себя в подобие Хоэнхайма. Есть подозрение что Отец планирует использовать Ишвар как гигантский преобразовательный круг для создания Философского Камня, но гомункул Зависть намекает, что это еще не вся правда.
Различия в адаптации
История в аниме и манге разделяется вскоре после встречи с гомункулом Жадность в эпизодах 32-35, и развивается совершенно различными путями. Отец в аниме не существует. Его аналог - женщина по именни Данте (Dante),бывшая любовница Хоэнхайма. В прошлом они были выдающимися алхимиками и усовершенствовали методы для создания Философского Камня и создали форму бессмертия, в которой они используют чужие тела до их старения. В конце концов, Хоэнхайма охватила вина за жертвование жизнями для создания Камня, и он ушел от Данте забрав с собой улучшенную формулу Камня. Хотя Данте все еще могла перемещаться из тела в тело и избегать смерть столетиями, однако она могла проводить все меньше и меньше времени в одном теле, так как оно начинало разлагаться быстрее после каждого перехода. Каждый переход также уменьшал со временем силу Философского камня, которым она обладала. Она использует Гомункулов для побуждения Эдварда и Альфонса, также как и других таких же отчаянных Алхимиков, на создание еще одного завершенного
Сюжет фильма
Это продолжение сериала. Прошло несколько лет после того, как Ал обрёл своё человеческое тело, потеряв память. Ал — государственный алхимик, похожий во многом на своего старшего брата. Эд — бродяга в параллельном мире, без руки и ноги, но с механическими протезами. Он живёт вместе с юношей-изобретателем — Альфонсо, похожим на Ала, в послевоенной Германии.
В 1923 году Эд и Альфонс направляются вместе с цыганами на ярмарку в Мюнхен. Случайно Эд спасает одну из них, способную видеть судьбу. В Германии неспокойно, многие вступили в национал-социалистическую партию и готовятся к восстанию 8 ноября. Общество Туле хочет быть полезным Гитлеру и стремится любой ценой захватить к этой дате мир Элриков, принимая его за легендарную Шамбалу, но все оказывается не так просто по ту и эту стороны Врат.
| 
